重点实验室严格按“山东省重点实验室管理试行办法”和山东大学有关重点实验室管理的精神进行运作和管理，继续建立并完善实验室各项规章制度。主要包括：实验室管理办法、学术委员会工作章程、室务委员会工作章程、实验室开放管理规定、财务管理制度、固定人员管理办法、人力资源分配有关规定、开放课题基金管理细则、客座人员工作条例、兼职教授制度、论著发表的有关条例、科研论文及成果奖励办法、学术活动条例、奖惩制度、对外宣传的有关规定、开放日活动条例、公共财产管理制度、仪器设备管理办法、安全制度、印章管理制度等一系列规章制度。重点实验室实行学术委员会指导下的主任负责制，设主任1名，副主任3名，并下设室务会。重点实验室学术委员会每年至少召开1次全体会议，每次实到人数不少于三分之二，并报主管部门备案；重点实验室设室务会，室务会由重点实验室主任、副主任，各研究小组负责人，依托和共建单位业务负责人、科研管理部门负责人等组成，严格执行室务会会议制度。

为了给研究人员提供一个良好、有秩序、具有创新性的实验室环境。2015年以来，重点实验室特别注重实验室文化建设。在每个实验室内、外放置壁挂式展牌，宣传该实验室主要研究方向、研究条件、承担课题情况以及近期取得成果等图示内容，提高了科研氛围。通过完善实验室卫生制度，改善了实验室人员工作环境，提高了科研人员的归属感。坚持“开放、流动、联合、竞争”的方针，通过定期组织实验室人员学习、培训和讨论交流，为实验室人员个人发展提供一个良好平台。鼓励实验室人员良性竞争，增强实科研人员的使命感和紧迫感；邀请多学科专家举行讲座，从科研方法、前沿热点、人文熏陶等多方面提高实验室人员的专业技能和科学素养。通过举办学术规范讲座，增强研究生及固定科研人员的学术规范知识，避免无意识的学术不端问题发生。